La chiesa è dedicata a San Sebastiano patrono, insieme a Tobia, della Confraternita della Misericordia, antichissimo sodalizio fondato a Firenze nel 1244 da San Pietro Martire.
In ossequio ai propri fini statutari la Confraternita dalla sua istituzione si adoperò in opere caritatevoli quali il seppellimento dei morti, la vestizione degli ignudi, l'assistenza all'infanzia abbandonata e soprattutto la cura e il trasporto dei malati e continuò tale attività anche quando nel 1425 si fuse con la Compagnia dei Bigallo. Nel 1489 riprese la sua indipendenza con la denominazione di Nuova Misericordia e sviluppò ancora la sua opera a favore della città meritando la stima e l'affetto di tutti i fiorentini che nei secoli hanno contribuito ad arricchire il patrimonio della Confraternita con lasciti e donazioni. Ancora oggi la Confraternita della Misericordia è attivissima nelle opere di carità e come ulteriore attività ha aperto una casa di riposo nella sede dei Bobolino. I soci della Confraternita sono chiamati fratelli e sorelle e prestano volontariamente la propria opera indossando di norma una veste nera che sostituì nel 1497 la veste rossa originaria. L'attuale chiesa, in stile neorinascimentale, risale agli anni 1929-30. Sulla facciata Il Misericordioso, tavola di Pietro Annigoni (1970) rappresentante un fratello della Misericordia che compie un'opera di carità. All'interno l'edificio conteneva diverse pregevoli opere d'arte che oggi sono collocate nel museo della Misericordia.
Le opere d'arte più interessanti della chiesa sono la robbiana posta sull'altare maggiore e il San Sebastiano di Benedetto da Maiano situato sulla sinistra dell'altare maggiore, dono dell'Opera del Bigallo
Piazza del Duomo
tel. 055.212222
ingresso: Su prenotazione
biglietto: Ingresso gratuito