Al duca Odoardo successe il figlio Ranuccio II che allora sedicenne governò per due anni sotto tutela. Durante la sua reggenza il ducato fu in guerra contro Papa Innocenzo X che assediò e distrusse il Ducato. Il comandante delle truppe farnesiane scappò a gambe levate davanti ai nemici e per questo una volta rientrato a Parma fu processato e decapitato. Nel 1659 Ranuccio sposò Margherita Violante di Savoia; la duchessa morì tre anni dopo e il duca convolò a nuove nozze con la sorella minore della defunta, Maria. Anche questa non resistette al duca più di sedici anni e il duca non volle più risposarsi. Egli morì nel 1694 e fu abbastanza amato dai sudditi che trovarono in lui un tranquillo signore.